![]() |
Представлено филогенетическое дерево некоторых глобинов.
Выделим те наиболее явные белки-ортологи.
2. Рассмотрим пару отмеченную желтыми кружками. К ним можно добавить как ортолога цепь глобина цыпленка. 3. Далее рассмотри пару, помеченную голубыми кружками. К ней также в качестве ортолога можно добавить «лист» Chiken. Также опираясь на данные в контрольной группе миоглобинов и эволюционные расстояния между ними, можно причислить к ортологам и цепь глобина африканской лягушки. 4. Следующая пара ортологов – помеченная зелеными кружками. Ближайшие к ней гомологи – цепи глобинов цыплят. Данные цепи (помечены синими кружками) между собой являются паралогами. Но какая из них является ортологом к паре, помеченной зелеными кружками, невозможно определить на основании имеющихся данных. Далее опираясь на таксономию позвоночных «листья» Xenopus и Danio также можно отнести к ортологам данной группы(помечены зелеными кружками). 5. Оранжевым кружком отмечена цепь глобина человека, которую нельзя отнести ни к одной их групп в качестве ортолога, т.к. во всех группах цепь глобина человека уже присутствует, а то, что в одном организме есть два белка, выполняющих одну и ту же функцию, маловероятно. 6. Помеченный серым кружком «лист» Danio нельзя однозначно и достоверно отнести к одной из групп ортологов с желтыми или голубыми кружками. 7. Наибольшую трудность представляет цепь глобина Xenopus, помеченная фиолетовым кружком. Опираясь на его отсутствие среди групп ортологов миоглобинов (красные кружки) и групп, отмеченных голубыми и желтыми кружками, его можно было бы отнести к ним, но по эволюционным расстояниям он находится слишком далеко от них. 8. Т.к. это дерево только глобинов, то можно принять, что все белки из одного организма – паралоги. Все они имеют одно происхождение |
Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов: 1. Расположение бактерий соответствует таксономии: Pasteurella и Escherichia, выделенные в отдельную ветвь, относятся к Gammaproteobacteria; Bacillus и Lactococcus – к Bacilli, а вместе с примыкающим к ним Clostridium - Firmicutes;
Termotoga – является отдельным таксоном Thermotogae, что отражается на его местоположении на дереве.
|